La Secretaría General se busca planear, coordinar, dirigir y controlar las actividades inherentes al Modelo Integrado de Planeación y Gestión, la Gestión del Talento Humano, Gestión Documental, Plan de Aseguramiento, Plan de Gestión Social y Sistemas de Comunicación e Información, mediante la formulación de políticas, planes, programas, procedimientos y demás documentación que deba implementar la Empresa en cumplimiento de su objeto misional, realizar el control oportuno y específico de las compras y de la administración de los recursos físicos que se efectúen para el buen funcionamiento de la Empresa.

Así mismo, esta dependencia tiene a su cargo el tema primordial de la vinculación de los municipios a la Política Pública del Plan Departamental de Agua y Saneamiento Básico, dicho convenio se realiza a través de acuerdos expedidos por los concejos municipales y la correspondiente sanción de los Alcaldes Municipales.